O Hospital Municipal de Mogi das Cruzes mantém três andares para internação (4º, 5º e 6º), com quartos amplos e modernos, especialmente projetados para garantir conforto durante a recuperação dos pacientes.
Os quartos foram equipados e estruturados com todos os recursos necessários de acessibilidade. O objetivo é proporcionar uma estadia tranquila, amparada pela segurança e eficiência no atendimento. Para isso, o Hospital Municipal possui um posto de enfermagem em cada andar de internação, com sistema de chamada de voz, que presta atendimento 24 horas por meio de uma equipe multidisciplinar, viabilizando os cuidados integrais ao paciente.